Para parchear una ROM:

perl ips.pl base.rom parche.ips

Por ejemplo, tenemos el Shadowrun de la Megadrive
y queremos aplicarle el parche  Shadowrun_2058_v1.5.ips.

El comando sería:

cp shadowrun.bin shadowrun.bin.old #por si nos equivocamos

perl ips.pl shadowrun.bin Shadowrun_2058_v1.5.ips

Ahí shadowrun.bin estaría plenamente parcheado.